1984'te Boğaziçi Üniversitesi Kandilli Rasathanesi ve Deprem Araştırma Enstitüsü (KRDAE) Sismoloji Laboratuvarı'nda Jeofizikçi olarak görevine başlayan Kalafat, aynı bölümde laboratuvar şefi olarak 2004'e kadar görev yaptı. Ardından Ulusal Deprem İzleme Merkezi Müdürü olan Doç. Dr. Doğan Kalafat, 2015'e kadar bu görevini sürdürdü. Doç. Dr. Kalafat 2015'te başladığı KRDAE Bölgesel Deprem Tsunami İzleme Merkezi (BDTİM) müdürlüğü görevine Haziran 2024'e kadar devam etti.
Bugüne kadar Türkiye'de gözlemsel ve aletsel sismoloji, deprem izlemeleri ve deprem istasyonları şebekesinin gelişimine büyük katkıda bulunan Doç. Dr. Doğan Kalafat; Türkiye'de uydu sistemleriyle ilk geniş bant sismik istasyonların kurulumu ve fayların araştırılmasına öncülük etti. Uzmanlık alanları olan faylardaki aktiviteler ve deprem oluş düzenleri, yerkabuğu yapısının araştırılması, deprem kataloğu çalışmaları, fay düzlemi çalışmaları ve saha gözlemleri konularında dikkat çeken projeleri hayata geçirdi.
12 Temmuz 2024 Cuma saat 10:30'da Kandilli Kampüsü'nde yer alan Fatin Gökmen Konferans Salonu’nda gerçekleştirilecek törenle uğurlanacak olan Doç. Dr. Doğan Kalafat’ın cenazesi İstanbul Zincirlikuyu Camii'nde kılınacak öğle namazını müteakip İstanbul Zincirlikuyu Mezarlığı'na defnedilecek.
