Osmanlı ile Bizans arasında yapılan Maltepe Savaşı (1329) sonrası burada bulunan av köşkünün barış şartı olarak Orhan Gazi'ye verilmesi üzerine burada bir Ahi tekkesi kuruldu. Zamanla Bektaşîlerin Osmanlı'da nüfusunu arttırmasıyla ve pratikte Ahiler ve Bektaşilerin pek farkı olmamasıyla Bektaşi zümresine geçti. 1826'ya kadar çeşitli dedebabalar tarafından yönetildi.
Yeniçeri Ocağı'nın kaldırılmasıyla Bektaşi tekkeleri de kaldırılmaya başlandı. Çoğu tekke kapanırken Şahkulu Sultan Dergâhı'na Nakşibendi şeyhleri atandı. Sultan Mahmud'un ölümünden sonra bu durum böyle devam etmedi. Kendi de Nakşibendi olan Mehmet Ali Hilmi Dedebaba can-ı gönülden ikrar vererek Bektaşi oldu ve dergâhı tekrar canlandırdı , mamur eyledi. Şu an E-5 karayoluna kadar uzanan kısımdan Göztepe/Gözcübabaya uzanan kısıma kadar bostan yaptı ve ekti, meyve ağaçları dikti. Hayvanlar için ağıl, arılar için kovan yaptırdı.
1925'te Tekke ve Zaviyelerin Kapatılması ile Şahkulu Sultan Dergâhı da kapatıldı. Harap hale gelen dergâh kundaklandı ve yandı.1980'li yılların sonunda 'Şahkulu Sultan Dergâhı ve Mehmet Ali Hilmi Dedebaba Vakfı' kurulmuş ve dergâhın yıkılan kısımları tekrar inşa edilmiştir.
Günümüzde Anadolu Alevileri ve Bektaşiler tarafından önemli bir yere sahip olan Şahkulu Sultan Dergâhı aşevi, cemevi ve hazireleri ile hizmet veren ve kalabalık şehir ortamına doğa ortamı sunan bir yapı olarak faaliyet göstermektedir.
Şahkulu Sultan kimdir?
Şahkulu Sultan büyük bir olasılıkla 1402 yılında şehit olmuştur. Ancak yine Kocadağ’a göre bazı araştırmacıların verdiği Şahkulu Sultan’ın İstanbul’un fethine kadar Merdivenköy Tekkesi’nde postnişinlik yaptığı ve Bizanslılarla yapılan bir savaşta şehit düştüğü bilgisi zayıf bir ihtimaldir Tanman Bektaşi geleneğine göre 1402 sonrası tekkenin ilk şeyhi olarak kabul edilen Şahkulu Sultan ile çevredeki zaviyelerin “kırk erenler” diye anılan şeyhlerinin şehit edildiklerini ifade etmektedir. Ayrıca Şahkulu Sultan (Şahkulu Baba)’nın hayatına dair fazla bir şey bilinmediğini, bililenlerin ise diğer birçok şahsiyet gibi menkıbelerden ibaret olduğunu söylemektedir. Hasluck’a göre ise Şahkulu Sultan müritleriyle birlikte Merdivenköy Tekkesi’nde XV. yüzyılda yaşamıştır. Noyan ise “Şahkulu kimdir?” başlığı altında “Alperenler arasında adı geçen eski bir Şahkulu vardır. Bu dergâhın içinde de onun adına bir yatır bulunmaktadır. Yalnız burasının bir makam olması da olasıdır. Dergâh giriş kapısında bulunan, kitâbeyi yazan Mehmet Ali Hilmi Dedebaba erenler ‘makam’ deyimi kullanmıştır.” bilgilerini vermektedir. Noyan’a göre Merdivenköy Tekkesi’ne adını veren Şahkulu Fatih devrinde yaşamıştır.
