1919 yılında Sivas sancağına bağlı Aziziye kasabasında (günümüzde Kayseri'nin Pınarbaşı ilçesi) doğdu. 1764 ilâ 1837 yılları arasında Maçka voyvodalığını üstlenmiş olan ve geç Osmanlı-erken Cumhuriyet evresinde etkin olan Eyyûbiler (Soyadı Kanunu'nundan sonra Eyüboğulları) ailesine mensuptur. Babası Mutasarrıf Rahmi Bey, annesi Lütfiye Hanım'dır. Baba tarafının Selahaddin Eyyubi'den geldiğini, Silvan'dan gelen Eyubzadelerin son kuşağı olduklarını bir nehir söyleyişisinde ifade etmiştir. Mualla Eyuboğlu beş çocuklu ailenin dördüncü çocuğudur. Ailenin diğer çocukları Sabahattin, Bedri Rahmi, Nezahat ve Mustafa idi.
Çocukluğu Türk Kurtuluş Savaşı döneminde Kütahya ve Artvin illerinde geçti. Babasının II. dönem Büyük Millet Meclisi'nde Trabzon milletvekili olması üzerine ilköğrenimini Trabzon'da yaptı. Babasının 1931'de Tekel Genel Müdürlüğü müfettişi olması ve ailesinin İstanbul'a taşınmasından sonra eğitimine İstanbul Kız Lisesi'nde devam etti.
Edebiyat dünyasından Yahya Kemal Beyatlı, Necip Fazıl Kısakürek gibi önemli isimlerin bir arada ağırlandığı bir aile ortamında büyüdü. Daha sonraki yıllarda ağabeyleri Bedri Rahmi Eyüboğlu ve Sabahattin Eyüboğlu vasıtasıyla bu entelektüel ortam ve ilişkileri sürdürdü; Cevat Şakir, Azra Erhat Halet Çambel, Orhan Veli, Nâzım Hikmet, Yaşar Kemal, Âşık Veysel, Ruhi Su, Mîna Urgan gibi dönemin sanat ve edebiyat çevresinden kişileri yakından tanıma imkânı buldu. Üniversite eğitimini Devlet Güzel Sanatlar Akademisi (MSGSÜ)'nin mimarlık bölümünde tamamlayarak 1942 yılında mezun oldu. O yıl Akademi'den mezun olan dört kadın mimardan birisi idi.
Köy Enstitüleri
Milli Eğitim Bakanlığı'nda görevli ağabeyi Sabahattin Eyüboğlu aracılığıyla Köy Enstitüleri'nin kurucusu İsmail Hakkı Tonguç'la tanıştı. Yeni kurulan Hasanoğlan Köy Enstitüsü'nde Yapı Kolu başkanı ve Enstitü'nün Yüksek bölümünde inşaat öğretmeni olarak 31 Aralık 1942'de göreve başladı. Yardımcısı iki Macar ustayla beraber Eskişehir, Aydın, Kayseri ve Erzurum gibi illerde Köy Enstitüleri'nin kurulabilmesi için arazi seçip binalar inşa etti. Görevi, daha önce yarışma ile belirlenmiş projeleri uygulamaktı. 1942 ile 1947 yılları arasında toplamda 21 Köy Enstitüsü'nün kuruluşuna katıldı.
Eyuboğlu, Hasanoğlan Köy Enstitüsü'nde yarışma dahil olmayan binaları hem tasarlamış hem de uygulamıştır. Kuşbakışı, orak ve çekiç şeklinde olduğu dedikodusu yayılan Güzel Sanatlar binasını, hamamı, kantini, büyük ve küçük marangoz atölyeleri ile çocuk bahçesini tasarladı ve inşa etti. Erzurum'un Aziziye ilçesinde (eski adı Ilıca) 1942'de açılan Pulur Köy Enstitüsü'nü ve Aydın'ın Ortaklar Bucağında 1944 yılında kurulan Ortaklar Köy Enstitüsü'nü tasarladı.
Eğitim görevleri kapsamında Enstitü'de Mimarlık Bilgisi, Teknik Resim, Zirai Yapıcılık, İç Süslemeciliği, İşlik ve Seminer Çalışmaları, Sanat ve Uygarlık Tarihi derslerini verdi. 1945-1946’da Ortaklar Köy Enstitüsü’nde görevli iken zehirli sıtma hastalığına yakalanınca köy enstitülerindeki görevini bıraktı.
Devlet Güzel Sanatlar Akademisi
1947 yılında Devlet Güzel Sanatlar Akademisi'ne asistan olarak atandı. Şehircilik ve yüksek matematik derslerinde asistanlık, Tatbiki Güzel Sanatlar Yüksekokulu’nda seramik tarihi ve İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi'nin Arkeoloji Bölümü’nde tasarı geometri dersleri verdi. Asistanlık yıllarında Celâl Esat Arseven'in Türk Sanatı Tarihi kitabına yardım etti ve Fransız Arkeoloji Enstitüsü Müdürü Albert Gabriel’in Bursa kitabı için röleveler çıkardı. Her yıl Efes ve Albert Gabriel'in Yazılıkaya kazılarına katıldı. Robert Anhegger ile birlikte 1945-1947 yıllarında Yugoslavya, Trakya ve Anadolu’daki Osmanlı eserlerini belgeleme çalışmalarında bulundu.
1952'de Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Yüksek Kurulu'nda raportör olarak görev aldı. 1956’da Antakya Yayladağ kazası ile Çanakkale Eceabat kazasının imar planlarını hazırlayarak oralardaki eski eserlerin rölövelerini çıkardı.
Restorasyon çalışmaları
Hocalarının yönlendirmesiyle restorasyon alanına yönelen Mualla Eyuboğlu, 1970'e kadar, Milli Eğitim Bakanlığı Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü’ne bağlı yüksek mimar olarak görev yaptı. 1958 yılında Alman tarihçi Robert Anhegger'le evlendi. 1959 yılında Rumeli Hisarı’nın restorasyonunda çalışmaya başladı. 1961-1971 arasında çalışma yaşamının en önemli işlerinden biri olan Topkapı Sarayı Harem Dairesi’nin onarımını da yürüttü.
Eşinin Hollanda'da Goethe Enstitüsü direktörlüğüne getirilmesi üzerine onunla birlikte Amsterdam'a gitti ve 1973 yılına kadar yaşadı. Bu dönemde radyo ve üniversitelerde konferanslar verdi. Emirgân Yalısı ve Siyavuş Paşa Köşkü onarımlarını yurtdışından yürüttü. Robert Anhegger’in emekli olmasından sonra Türkiye'ye döndü. Emirgan Yalısı'nın restoratörü olduğu dönemlerde izinsiz yurt dışına gittiği gerekçesiyle görevinden alındı. Türkiye'ye döndükten sonra bir süre Topkapı Sarayı Harem Dairesi'nde fahri rehberlik yaptı.
1976'da İstanbul Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü’ne atandı. Ayasofya Türbeleri, Galata Mevlevihanesi ve II. Mahmud Türbesi onarımlarında çalıştığı başlıca yapılardandır.1983 yılında emekli oldu.
1986'da Topkapı Sarayı'nda Padişah Evi (Harem) adlı kitabını yayımladı. 1997'de TRT tarafından çekilen Harem'in Gizemi belgeselinde danışmanlık yapıp çekim kadrosunda yer aldı.
Son yılları ve ölümü
2001 yılında eşini kaybettikten sonra yaşamını İstanbul Beyoğlu'nda bulunan Doğan Apartmanı'ndaki müze evinde tek başına sürdürdü. 2003 yılında kendisiyle yapılmış bir röportajdan oluşan Hitit Güneşi Mualla Eyuboğlu Anhegger adlı bir kitap yayımladı. Mimarlar Odası tarafından verilen 11. Ulusal Mimarlık Ödülleri'nde Mimarlığa Katkı Jüri Özel Ödülü'ne değer görüldü (2008). 16 Ağustos 2009'da öldü.
